Přijímané datové formáty jsou formáty povolené pro datové zprávy dodávané do datové schránky (pdf, PDF/A, xml, fo, zfo, html/htm, odt, ods, odp, txt, rtf, doc, docx, xls, xlsx, ppt, ptpx, jpg, jpeg, jfif, png, tif, tiff, gif, mpeg1, mpeg2, wav, mp3,) a formáty pro elektronické tabule (formáty podporované softwarem ActiveInspire a SMART Notebook). 

Akceptovatelné přenosné technické nosiče dat jsou CD, DVD a USB plug&play zařízení (bez instalace ovladačů). 

Nakládání s datovými zprávami obsahujícími škodlivý kód: Datová zpráva, u které byl zjištěn škodlivý kód, není zpracovávána. Pokud z přijaté datové zprávy lze zjistit kontaktní údaje odesílatele, je mu neprodleně zasláno sdělení o zjištění škodlivého kódu s návrhem na další postup. Neúplné nebo poškozené dokumenty: Lze-li z doručeného neúplného nebo poškozeného dokumentu zjistit kontaktní údaje odesílatele, ministerstvo jej touto cestou neprodleně vyrozumí a vyzve k nápravě. Neúplný nebo poškozený dokument není zpracováván.